柱温对保留时间、峰形、分离度和柱压都有一定影响。对于不严格的色谱分离，偶尔做几次的可以不考虑温度的影响。但对于定性和定量要求严格的分析，则必须加以考虑。有文献报道，温度每变化1℃，保留时间会变化1％～3％。因此，对于大量样品长时间的重复定量分析，必须用柱温箱来控制保留时间和分析结果的准确性。其次，不同的温度会影响到不同化合物在柱中保留时间的变化，可以通过温度的变化，选择合适的条件来达到优化色谱分离的目的。

一般情况下，温度上升，保留时间缩短、柱压下降，但也有个别情况，特别是用某些所谓极性反相柱分离一些极性化合物，会有随温度升高，保留时间延长的现象。适当升高温度，对于某些拖尾较严重的化合物，会使峰形和柱效大大改善。对于大分子分离、尤其在使用较高流速时，适当提高温度，会使柱效和柱压两方面受益，从而减少分离时间。对于手性分离，则一般是柱温低时分离度较高。柱温对峰面积的影响不如保留时间明显，但有些离子化合物在不同温度下，电离不同，吸收波长和吸收强度会发生变化，峰面积就会发生变化。

随着冬季的到来，化验室的温度也会受到一定的影响，建议配个柱温箱对于分析是有好处的。

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